Οι υδατοκαλλιέργειες διακρίνονται:
Ανάλογα µε το υδάτινο περιβάλλον όπου πραγματοποιούνται σε καλλιέργειες ή εκτροφές γλυκών, θαλασσινών ή υφάλμυρων νερών.
Ανάλογα µετο χώρο όπον τοποθετούνται οι εγκαταστάσεις καλλιέργειας ή εκτροφής (παράκτιες περιοχές, θάλασσα, ποτάμι, λιμνοθάλασσα) σε χερσαίες, θαλάσσιες, ποτάµιες κ.ο.κ.
Ανάλογα µε το είδος του υδρόβιου οργανισμού που εκτρέφουµε ή καλλιεργούμε:
α) Σε καλλιέργειες Φυκών (είδη φυκών καλλιεργούνται για τροφή των ανθρώπων και των ζώων και άλλα είδη φυκών για την παραγωγή πρώτων υλών στη βιομηχανία καλλυντικών και φαρµακευτικών προϊόντων).
β) Σε εκτροφές Κεφαλοπόδων (χταπόδια, καλαμάρια κ.ά.),
γ) Σε εκτροφές Καρκινοειδών (γαρίδες, αστακοί κ.ά.)
δ) Σε εκτροφές Οστρακοειδών (μύδια, στρείδια χ.ά.),
ε) Σε εκτροφές Ιχθύων (ιχθυοκαλλιέργειες για παραγωγή τσιπούρας, λαβρακιού, πέστροφας κ.ά.
Ανάλογα µε το σύστηµα κυκλοφορίας του νερού (ανοικτό, κλειστό, ημίκλειστο) σε ανοικτές, ηµίκλειστες και κλειστές καλλιέργειες ή εκτροφές.
Η διάκριση αυτή βασίζεται στον τρόπο χρήσης του νερού εκτροφής.
Οι ανοικτές καλλιέργειες ή εκτροφές πραγματοποιούνται µέσα στο νερό της θάλασσας, της λίµνης, του ποταμού ή της λιμνοθάλασσας. Οι εκτροφές των υδρόβιων οργανισμών, στις περιπτώσεις αυτές, πραγματοποιούνται σε κλουβιά, σε σχεδίες, µέσα σε δίχτυα που συγκρατούνται από σχοινιά που επιπλέουν µε τη βοήθεια πλωτήρων κ.ά.
Στα ηµίκλειστα συστήµατα κυκλοφορίας του νερού το νερό χρησιµοποιείται µία και µόνη φορά πριν φύγει στο περιβάλλον. Περιλαμβάνει όλες τις εκτροφές που γίνονται µέσα σε κάθε είδους δεξαμενές, χωµάτινες υδατοσυλλογές (υδροστάσια) κ.α.
Στις κλειστές καλλιέργειες το νερό επανακυκλοφορεί συνεχώς ανάµεσα στις δεξαμενές εκτροφής χωρίς να ανανεώνεται. Προστίθεται µόνο µια µικρή ποσότητα 5-10 % σε ημερήσια βάση για την αντικατάσταση των απωλειών από την εξάτμιση και τις πιθανές διαρροές του κυκλώματος. Σε κάθε νέα κυκλοφορία του, το νερό διέρχεται µέσα από σειρές φίλτρων, που το καθαρίζουν, και συσκευές θέρμανσης ή ψύξης, που το θερµαίνουν ή το ψύχουν. Με τον τρόπο αυτό αποκτά τις επιθυμητές φυσικές και χημικές ιδιότητες που ικανοποιούν καλύτερα τους οργανισμούς που εκτρέφονται.
Ανάλογα µε το αν προσφέρουμε ή όχι τροφή στους εκτρεφόµενους οργανισμούς σε εκτατικές, ημιεντατικές και εντατικές εκτροφές.
Στις εντατικές εκτροφές παρέχεται στους εκτρεφόµενους οργανισμούς το σύνολο της απαιτούµενης τροφής, ενώ παράλληλα ελέγχεται σχεδόν το σύνολο των φυσικών και χημικών παραµέτρων του νερού που χρησιµοποιείται.
Στις ημιεντατικές εκτροφές οι εκτρεφόµενοι οργανισμοί χρησιμοποιούν τη φυσική τροφή που υπάρχει στους χώρους της εκτροφής τους, αλλά επειδή αυτή δεν επαρκεί προσφέρεται και συμπληρωματική τροφή. Ελέγχονται επίσης οι πιο βασικές από τις φυσικές και χημικές παραµέτρους του νερού εκτροφής.
Στις εκτατικές εκτροφές, τέλος, υπάρχει ελάχιστη παρέμβαση τον ανθρώπου και στηρίζονται αποκλειστικά στη φυσική παραγωγικότητα των παράκτιων υδάτινων οικοσυστημάτων.
Τέτοια υδάτινα οικοσυστήματα είναι:
1. οι λµνοθάλασσες,
2. οι εκβολές των ποταμών,
3. οι αβαθείς παράκτιοι κόλποι και κολπίσκοι
Στα οικοσυστήµατα αυτά μπορούν να εγκατασταθούν και να λειτουργήσουν µονάδες εκτροφής, χωρίς να δίνουμε τροφή στους οργανισμούς που εκτρέφονται. Για παράδειγµα, στις μυδοκαλλιέργειες τα μύδια φιλτράρουν το νερό και κατακρατούν από αυτό τους οργανισμούς του φυτοπλαγκτού που χρειάζονται για την ανάπτυξή τους, χωρίς την παρέμβαση του ανθρώπου. Η παρέμβαση του ανθρώπου συνίσταται στην εγκατάσταση και περιοδική παρακολούθηση των συστηµάτων εκτροφής όπου θα τοποθετηθούν τα μύδια (μακριές γραµµές, πασσαλωτές καλλιέργειες κ.ά.) για την εκτροφή τους.
